E-Arşiv Fatura ilk olarak Elektronik Fatura Kayıt Sistemi (EFKS) olarak karşımıza çıkmıştır. EFKS kurum ve kuruluşların düzenledikleri faturalarda bulunan bazı bilgilerin, belirlenen uygulama ve veri standartları çerçevesinde Gelir İdaresi Başkanlığı sistemine aktarılması şartı ile faturalara ait ikinci nüshaların kağıt olarak saklanması zorunluluğunu ortadan kaldıran; ayrıca alıcılarına verilmek üzere hazırlanan birinci nüsha faturaların da güvenli elektronik imzalı dijital belge şeklinde oluşturulmasına imkan sağlayan pilot bir uygulamadır. Tedarik zinciri içerisindeki tüm firmaların arasındakı ticari belge akışının (sipariş, fatura, irsaliye, vb.) Uluslararası Standartlar kullanılarak ve şirket-içi uygulamalarla tümleşerek elektronik ortamda değişimidir.
Tasarımı itibariyle bir e-fatura çözümü olmaktan ziyade, elektronik arşivleme çözümü olan sistem içerisinde birinci nüsha faturaların elektronik imzalı pdf dokümanları şeklinde oluşturulmasına da sınırlı bir biçimde izin verilmiştir. Mükelleflerin bir yıl içerisinde e-Fatura Uygulamasına entegre olmaları gerekmektedir.